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以激发的荧光成像,利用不同的荧光标记区分细微的结构;反映荧光标记物在生物体内的分布，运动及变化，进行多色荧光、三维重构及时间系列图象。

光源
LSCM 以激光为光源, 激光具有单色性强﹑方向性好﹑高亮度﹑相干性好等优点, 可以避免普通显微镜的缺点。一般常用的气体激光器如氩(Ar) ﹑氪(Kr) ﹑氦(He)﹑氖(Ne)。
空间分辨率
LSCM 对标本上的每个点都是在焦点上的摄影, 其在X- Y 轴上的最佳空间分辨率可达0.2~0.25μm, 较普通显微镜要高出40%[;在Z 轴上的最佳空间分辨率可达0.5~0.6μm。
瞬时分辨率 LSCM 可以实时动态观察活体组织标本。LSCM 的荧光检测器可以毫秒级或微秒级的速度检测荧光, 即其时间分辨率极高, 能对细胞内的分子进行功能性动态观察; 检测灵敏性极强; 还可对荧光进行精确定量
图像处理
LSCM 的图像是以电信号的形式记录下来的, 可以采用各种模拟的和数字的电子技术进行图像处理。另外, LSCM 图像分析软件系统功能强大, 可对图像进行三维重建分析, 获得时空上大量多样信息。